مصحفی را كه مولی امیرمؤمنان (ع) گردآوری كرده بود، دارای ویژگی های خاصی بود كه در مصاحف دیگر وجود نداشت.
اولا، ترتیب دقیق آیات و سور، طبق نزول آن ها رعایت شده بود یعنی در این مصحف مكی پیش از مدنی آمده و مراحل و سیر تاریخی نزول آیات روشن بودبدین وسیله سیر تشریع و احكام، مخصوصا مساله ناسخ و منسوخ در قرآن به خوبی به دست می آمد.
ثانیا، در این مصحف قرائت آیات، طبق قرائت پیامبر اكرم (ص) كه اصیل ترین قرائت بود، ثبت شده بود و هرگز برای اختلاف قرائت در آن راهی نبود بدین ترتیب راه برای فهم محتوا و به دست آوردن تفسیر صحیح آیه هم وار بود این امر اهمیت به سزایی داشت، زیرا چه بسا اختلاف قرائت موجب گم راهی مفسر می شود كه درآن مصحف هرگونه موجبات گم راهی وجود نداشت.
ثالثا، این مصحف مشتمل بر تنزیل و تاویل بود یعنی موارد نزول ومناسبت هایی را كه موجب نزول آیات و سوره ها بود، در حاشیه مصحف توضیح می داد این حواشی بهترین وسیله برای فهم معانی قرآن و رفع بسیاری از مبهمات بود و علاوه بر ذكر سبب نزول در حواشی، تاویلاتی نیز وجود داشت این تاویلات برداشت های كلی و جامع از موارد خاص آیات بود كه در فهم آیه ها بسیار مؤثربود. امیرمؤمنان (ع) خود می فرماید: «و لقد جئتهم بالكتاب مشتملا علی التنزیل والتاویل»(1) و نیز می فرماید: «آیه ای بر پیامبر(ص) نازل نشد، مگر آن كه بر من خوانده و املا فرمود و من آن را با خط خود نوشتم و نیز تفسیر و تاویل، ناسخ ومنسوخ و محكم و متشابه هر آیه را به من آموخت و مرا دعا فرمود تا خداوند فهم وحفظ به من مرحمت فرماید از آن روز تا كنون هیچ آیه ای را فراموش نكرده و هیچ دانش و شناختی را كه به من آموخته و نوشته ام، از دست نداده ام»(2) بنابراین اگر پس از رحلت پیامبر(ص) از این مصحف كه مشتمل بر نكات و شرح و تفسیر وتبیین آیات بود استفاده می شد، امروزه بیش ترین مشكلات فهم قرآن مرتفع می گردید.(3)
سرانجام مصحف علی (ع)
سلیم بن قیس هلالی (متوفای 90) كه از اصحاب خاص امیرمؤمنان بود، از سلمان فارسی (رضوان اللّه علیه) روایت می كند: موقعی كه علی (ع) بی مهری مردم رانسبت به خود احساس كرد، در خانه نشست و از خانه بیرون نیامد تا آن كه قرآن راكاملا جمع آوری كرد پیش از جمع آوری حضرت، قرآن روی پاره های كاغذ و تخته های نازك شده و ورق ها نوشته شده و به صورت پراكنده بود علی (ع) پس از اتمام، طبق روایت یعقوبی آن را بار شتری كرده به مسجد آورد در حالی كه مردم پیرامون ابوبكر گرد آمده بودند، به آنان گفت: «بعد از مرگ پیامبر(ص) تا كنون به جمع آوری قرآن مشغول بودم و در این پارچه آن را فراهم كرده، تمام آن چه بر پیامبرنازل شده است جمع آورده ام نبوده است آیه ای مگر آن كه پیامبر، خود بر من خوانده و تفسیر و تاویل آن را به من آموخته است مبادا فردا بگویید: از آن غافل بوده ایم» آن گاه یكی از سران گروه به پاخاست و با دیدن آن چه علی (ع) در آن نوشته ها فراهم كرده بود، بدو گفت: به آن چه آورده ای نیازی نیست و آن چه نزد ماهست ما را كفایت می كند علی (ع) گفت: «دیگر هرگز آن را نخواهید دید» آن گاه داخل خانه خود شد و كسی آن را پس از آن ندید.(4)
در دوران عثمان، كه میان طرف داران مصاحف صحابه اختلاف شدید رخ داد، طلحه بن عبیداللّه به مولی امیرمؤمنان (ع) عرض كرد: به یاد داری آن روزی را كه مصحف خود را بر مردم عرضه داشتی و نپذیرفتند، چه می شود امروز آن را ارائه دهی تا شاید رفع اختلاف گردد؟
حضرت از جواب دادن سرباز زد طلحه سؤال خود را تكراركرد حضرت فرمود: «عمدا از جواب سرباز زدم» آن گاه به طلحه گفت: «آیا این قرآن كه امروزه در دست مردم است، تمامی آن قرآن است یا آن كه غیر ازقرآن نیز داخل آن شده است؟» طلحه گفت: البته تمامی آن قرآن است حضرت فرمود: «اكنون كه چنین است، چنان چه به آن اخذ كنید و عمل نمایید، به رستگاری رسیده اید» طلحه گفت: اگر چنین است، پس ما را بس است و دیگر چیزی نگفت(5) حضرت با این جواب خواستند تا علاوه بر حفظ وحدت، صلابت واستواری قرآن محفوظ بماند.